肯独立后建军，实行志愿兵役制。现役陆军二万余人，海军一千余人，空军二千余人。

　　肯总统兼武装部队总司令，拥有对军队的最高指挥权。军队高层人事任免基本由总统决定。总参谋部是最高作战指挥机构，总统通过总参谋长统帅全军。肯国防部直属于总统府，实即总参谋部，而非内阁部门，故无国防部长一职。总统府国务部长中有一名负责国防事务，总统府副常秘中有一名主管军队的财政拨款事宜。由总参谋长、陆、海、空三军司令、总统府国务部长及副常秘共6人组成的国防委员会，为向总统负责的最高军事决策机构。肯陆军总部与总参谋部均在国防部大院办公，海、空军总部相对独立，分别设在蒙巴萨和内罗毕。此外，陆军还分东、西两个军区。

　　肯重视军官培养和训练工作，设有国防学院、国防参谋学院、武装部队训练学院、武装部队技术学院等四所军事院校。其中，国防学院是以培养高级军官为主的高等院校，学制三年，每年招收一期约18名学员，其中主要是准将和上校级军官，此外还有少数警察和政府文职官员，以及非洲其他国家的进修军官。

　　肯军为国家的军队，走职业化道路，有不参政的传统。1982年，肯军成功粉碎了肯独立以来唯一一起未遂政变，在维护国家稳定中发挥了重要作用。

　　近年来，肯积极参与联合国在波黑、东帝汶、塞拉利昂、埃塞俄比亚和厄立特里亚的维和行动，并在联合国在非洲的维和行动中发挥积极作用。联合国塞拉利昂特派团司令和联合国埃塞俄比亚和厄立特里亚特派团副司令均由肯尼亚军官担任。

　　肯军现役军官中仅有一名上将，即总参谋长基卜瓦纳；三名中将，即副总参谋长科埃奇、陆军司令苏姆贝伊沃和国防学院院长恩乔罗盖；十多名少将，其中包括海军司令阿维塔和空军司令穆塔伊。